წინა ფილმში განვითარებული მოვლენების შემდეგ ადამიანებმა დაივიწყეს ვარსკვლავური კარიბჭე, რადგანაც ეგონათ, რომ მისგან საშიშროება აღარ არსებობდა. მაგრამ მოულოდნელად სხვა ღვთაება ჩნდება, ამჯერად აპოფიზი. ჯეკ ო’ნილს შაიენის მთაში არსებულ ბაზაში იძახებენ....

დენიელ ჯექსონი პოულობს დაკარგული ქალაქის ატლანტიდას კოორდინატებს. ელიზაბეტ ვეირი ამზადებს ექსპედიციას ქალაქის გამოსაკვლელვად. პრობლემა ისაა, რომ ქაალქი სხვა გალაქტიკაში, პეგასის გალაქტიკაში....